Los protocolos de monitoreo de aguas son herramientas sencillas de aplicar si se cuenta con los materiales apropiados para esta actividad, como por ejemplo una sonda multiparamétrica o un fluorómetro, claves a la hora de obtener valores de oxígeno, pH o conductividad, mencionando solo algunos. A partir de estos datos se puede sacar una foto de las condiciones ambientales de arroyos y cañadas, sin requerir de grandes esfuerzos en términos de tiempo.
La realización de estos muestreos permite conocer objetivamente la ocurrencia de impactos sobre los cursos de agua en ese momento. La realización sistemática de estos monitoreos permite realizar una evaluación temporal de fluctuaciones o ocurrencia de impactos ocurridos en los sistemas.
En el protocolo se mencionan los pasos a seguir para realizar una evaluación física y química del sistema, partiendo desde el campo (sitio de estudio) hasta la actividad en laboratorio. La combinación de sus diferentes resultados y variaciones indican la calidad del ambiente.